Si en la primera sesión los Williams han marcado el ritmo, en la segunda sesión de entrenamientos libres del viernes los Ferrari han trazado el rumbo, con Kimi Raikkonen a la cabeza. El finlandés paró el crono en 1:35:707, y su compañero de equipo, Felipe Massa, fue segundo con 1:35:832.
Por detrás de los Ferrari, Sebastian Vettel (Red Bull) fue tercero, cuarto Rosberg (Williams), quinto Webber (Red Bull), sexto Barrichello (Brawn), septimo Button (Brawn). Hamilton finalizó la sesión decimo primero y Fernando Alonso, que sólo completó 20 vueltas en esta sesión, decimo quinto. Probablemente su problema de otitis y fiebre tenga algo que ver, aunque el piloto español cree que estará en perfectas condiciones para la carrera.
Tiempos segunda sesión de entrenamientos del viernes GP Malasia 2009:
| Posicion | Piloto | Escuderia | Tiempo | Dif. | Vueltas |
| 1 | Kimi Räikkönen | Ferrari | 1:35.707 | 40 | |
| 2 | Felipe Massa | Ferrari | 1:35.832 | 0.125 | 38 |
| 3 | Sebastian Vettel | Red Bull | 1:35.954 | 0.247 | 40 |
| 4 | Nico Rosberg | >Williams | 1:36.015 | 0.308 | 39 |
| 5 | Mark Webber | Red Bull | 1:36.026 | 0.319 | 36 |
| 6 | Rubens Barrichello | Brawn | 1:36.161 | 0.454 | 37 |
| 7 | Jenson Button | Brawn | 1:36.254 | 0.547 | 31 |
| 8 | Kazuki Nakajima | Williams | 1:36.290 | 0.583 | 35 |
| 9 | Heikki Kovalainen | McLaren | 1:36.397 | 0.690 | 40 |
| 10 | Nelsinho Piquet | Renault | 1:36.401 | 0.694 | 35 |
| 11 | Lewis Hamilton | McLaren | 1:36.515 | 0.808 | 30 |
| 12 | Jarno Trulli | Toyota | 1:36.516 | 0.809 | 34 |
| 13 | Sebastien Buemi | Toro Rosso | 1:36.628 | 0.921 | 32 |
| 14 | Timo Glock | Toyota | 1:36.639 | 0.932 | 29 |
| 15 | Fernando Alonso | Renault | 1:36.640 | 0.933 | 20 |
| 16 | Adrian Sutil | Force India | 1:36.875 | 1.168 | 36 |
| 17 | Robert Kubica | BMW Sauber | 1:37.267 | 1.560 | 38 |
| 18 | Sebastien Bourdais | Toro Rosso | 1:37.278 | 1.571 | 30 |
| 19 | Giancarlo Fisichella | Force India | 1:37.432 | 1.725 | 27 |
| 20 | Nick Heidfeld | BMW Sauber | 1:37.930 | 2.223 | 37 |
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